jmpl|kiri|Wesley di tempat tidur menjelang ajalnya: "Yang terbaik dari semuanya adalah, Tuhan beserta kita". Mezzotint karya John Sartain.

Kesihatan Wesley menurun dengan mendadaknya menjelang akhir hayatnya dan beliau berhenti berkhutbah. Pada 28 Jun 1790, kurang dari setahun sebelum wafatnya, beliau menulis:

"Hari ini saya memasuki tahun kelapan puluh delapan saya. Selama lebih dari lapan puluh enam tahun, saya tidak mendapati satu pun gangguan usia tua: kedua mata saya tidak kabur, kekuatan alami saya juga tidak berkurang. Namun, bulan Ogos yang lalu, saya mendapati suatu perubahan yang hampir-hampir mendadak. Kedua mata saya begitu mengabur dan tidak ada kaca mata yang mampu menolong saya. Kekuatan saya pun sekarang benar-benar meninggalkan saya dan mungkin tidak akan kembali di dunia ini."[94]

Saat beliau terbaring sekarat, teman-temannya berkumpul di sekelilingnya, Wesley menggenggam tangan mereka dan berulang kali mengatakan, "Selamat tinggal, selamat tinggal." Pada akhirnya, beliau berkata, "Yang terbaik dari semuanya adalah, Tuhan beserta kita," mengangkat kedua tangannya dan mengulangi lagi kata-katanya dengan suara lemah, "Yang terbaik dari semuanya adalah, Tuhan beserta kita."[95] Wesley meninggal dunia pada 2 Mac 1791 pada usia 87 tahun. Beliau dikuburkan di kapelnya yang terletak di City Road, London.

Wesley disebut meninggal sebagai orang miskin kerana kedermawanannya, meninggalkan 135,000 anggota dan 541 pengkhutbah keliling dengan nama "Metodis". Dikatakan bahawa "ketika John Wesley diusung ke kuburnya, beliau meninggalkan di belakangnya satu perpustakaan yang baik berisikan buku-buku, satu jubah pendeta yang lusuh", dan Gereja Metodis.[96][97]